Muninだかに限らずですが〜
プロセス空間が共有の環境でこういうことをやっていると,他に定期的にpsとかする人がいたらパスワードとか見えちゃうかもしれません.mysqladminが見えないようにしてくれるかもしれませんが,起動されてmysqladminが見えないようにする隙間で見えるかもしれません.
mysqladmin extended-status -u root -phogehoge
するとエラーも出ず、ちゃんと値が取得できました。つまり、このコマンドをMySQLのプラグインが投げるように設定すればいいわけです。