アシアルともあろうお方が

header('Content-Type: text/html; charset=SJIS');

こんなヘッダーはいちゃいかんのでは．
こんなだから「SJIS」という表記ががいつまでも誤用される．
ちゃんとShift_JISと書いて欲しいところです．

• http://www.ietf.org/rfc/rfc2616.txt

これを防ぐ方法は対象となる文字列の文字コードを同じ文字コードへ変換するこ とです。これにより、有効ではない文字を取り除いて下さい。

$str = mb_convert_encoding($str, 'SJIS', 'SJIS'); // SJISの場合

っでこのコード

これを防ぐ方法は対象となる文字列の文字コードを同じ文字コードへ変換するこ とです。これにより、有効ではない文字を取り除いて下さい。

$str = mb_convert_encoding($str, 'SJIS', 'SJIS'); // SJISの場合

いわゆる機種依存文字はこのコードでは問題になります．
機種依存文字はShift_JISのマッピング外なので，期待通りの変換動作がおそらく行われません．
こういった場合，「SJIS-win」と指定する必要があると思います．